Ao longo dos anos o órgão passou por diversas mudanças de nomenclatura, sendo instituída em 2006 como Subsecretaria de Controle Interno, e posteriormente tendo sua nomenclatura modificada como Secretaria Executiva de Controle Interno, Auditoria-Geral do Município, Secretaria Especial da Transparência e Controle Interno e, por último, através da Lei Complementar nº 231/2018, como Controladoria-Geral do Município.
A Controladoria-Geral do Município (CGM) é o órgão central de controle interno da administração pública municipal, onde compete assistir ao Prefeito Municipal no desempenho de suas atribuições, quanto aos assuntos e providências que sejam atinentes à defesa do patrimônio público, ao controle interno, à auditoria pública, à correição, à prevenção e ao combate à corrupção, às atividades de ouvidoria e ao incremento da transparência da gestão no âmbito da administração pública municipal, assistindo também os Controles Externos em seus trabalhos institucionais.
Hoje, com a institucionalização da Lei 214/2017 e suas alterações, a CGM foi dividida em 04 vertentes principais:
Coordenação-Geral de Controle Interno: tem como função avaliar e fiscalizar o cumprimento das metas previstas no plano plurianual, a execução de programas de governo e orçamento do Município, comprovar a legalidade e avaliar os resultados, quanto à eficácia e à eficiência, da gestão orçamentária, financeira e patrimonial nos órgãos e entidades da administração municipal direta e indireta, bem como da aplicação dos recursos públicos por entidades de direito privado.
Coordenação-Geral de Transparência e Prevenção de Corrupção: tem como função avaliar, acompanhar e fiscalizar as políticas públicas relacionadas à transparência pública, bem como estudar e propor alternativas para suas melhorias e o fomento ao Controle Social e a integridade pública.
Ouvidoria-Geral do Município: compete receber as manifestações relacionadas às atividades de ouvidoria do município, tais como denúncias, solicitações, reclamações e elogios, produzindo informações de satisfação dos usuários de serviços públicos, bem como propondo atos normativos, intermediando conflitos e fomentando o controle social.
Corregedoria-Geral do Município: tem como competência as apurações disciplinares dos servidores públicos do Poder Executivo Municipal, incluída a administração direta, autárquica e fundacional, exceto aquelas que possuem corregedoria própria instituída por lei.